Variant Delta provoque des infections possibles, même vacciné ? VARIANT INDIEN. Le variant Delta du coronavirus, qui représente désormais 90% des contaminations en France, est très clairement responsable de la 4e vague de l’épidémie de connaît le pays. Et les craintes sur l’efficacité réduite des vaccins face à ce variant s’accentuent… Les dernières données inquiétantes
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Variant Delta : des infections possibles, même vacciné ? Les dernières données inquiétantes
[Mis à jour le 30 juillet 2021 à 14h44] La circulation du variant Delta du coronavirus s’est encore intensifiée en France dans les dernières semaines.
Selon les tout derniers chiffres établis par Santé publique France sur son site, ce sont désormais 90,4% des tests positifs au Covid-19 qui présentent la mutation L452R, caractéristique de ce variant.
D’autres rapports un peu plus datés suggèrent que le variant indien représente désormais entre 80 et 90% des contaminations dans le pays.
Ces chiffres et la 4e vague de coronavirus qui s’intensifie en France, alors que plus de la moitié de la population est vaccinée, posent de nouveau la question de l’efficacité des vaccins contre le coronavirus.
Des données récentes, venues notamment des Etats-Unis, laissent entendre que le variant Delta réduirait considérablement l’efficacité des vaccins contre une infection (et donc une transmission) du Covid, tandis que l’efficacité contre les formes graves resterait optimale.
Le variant Delta et son potentiel d’échappement immunitaire font pour l’instant l’objet de nombreuses études, parfois contradictoires, qui rendent tout conclusion imparfaite.
Néanmoins, les Centers for Disease Control and Prevention (CDC), principale autorité de santé américaine, indiquent au sujet des les vaccins à ARN messager (Pfizer-BioNTech ou Moderna) que les « données émergentes suggèrent une efficacité moindre contre l’infection confirmée et la maladie symptomatique causée par les variantes Beta, Gamma et Delta par rapport à la souche ancestrale et à la variante Alpha ».
L’efficacité du vaccin reste élevée en revanche « contre l’hospitalisation et le décès » et ce « pour toutes les variantes actuelles du SRAS-CoV-2 ».
Le vaccin moins efficace et moins longtemps face à Delta ?
Ces infections de « percée » (« breakthrough infection ») ne surviennent « que chez une petite proportion de personnes entièrement vaccinées, même avec la variante Delta », tempèrent les CDC qui précisent que lorsque ces infections surviennent chez des personnes vaccinées, elles ont tendance à être bénignes.
« Cependant, des données préliminaires suggèrent que les personnes totalement vaccinées qui sont infectées par la variante Delta peuvent être contagieuses et transmettre le virus à d’autres personnes », concluent-ils.
En conséquence, il est conseillé aux Américains vaccinés de conserver leur masque en lieux publics clos.
D’autres études de surveillance de l’efficacité du vaccin contre les variantes sont nécessaires selon l’organisme américain.
Cette capacité d’échappement immunitaire du variant Delta inquiète aussi en Israël, où u ne 3e dose de vaccin est désormais recommandée pour les plus de 60 ans qui ont été vaccinés depuis plus de six mois.
Car la durée d’efficacité du vaccin est aussi en question. Une étude internationale, publiée ce mercredi 28 juillet sur le site MedRxiv, suggère en effet que l’efficacité du vaccin contre le Covid-19 développé par Pfizer et BioNTech est passée de 96% à 84% en six mois.
Les données, publiées en « préprint » (version qui n’a pas été examinée par des scientifiques externes), suggèrent que le vaccin était plus globalement efficace à 91% pour prévenir le Covid-19 sur une période de six mois.
Le laboratoire Pfizer pousse d’ailleurs les autorités mondiales depuis plusieurs semaine par communiqué (lire ici ou ici) à envisager l’administration d’une troisième dose et travaille à un « booster » de son serum.
Quelle est la part du variant Delta en France ?
On peut mentionner trois séries de données pour prendre la mesure de la progression du variant Delta en France.
D’abord, selon les toutes dernières données publiées par Santé publique France sur son site et portant sur la semaine du 20 au 26 juillet 2021, 74 227 résultats positifs pour la mutation L452R, liée au variant Delta, ont été enregistrés sur 88 443 résultats de criblages saisis, soit 90,4% des PCR criblées.
Dans le même temps, on dénombrait 2 156 résultats positifs pour la mutation E484K (liée aux variants sud-africain et brésilien), soit 2,7% des cas et 1 360 résultats positifs pour la mutation E484Q (marginale)*.
Dans son bilan épidémiologique hebdomadaire, publié ce 29 juillet comme chaque jeudi soir, Santé publique France chiffre par ailleurs la mutation L452R à 89,2% des prélèvements positifs criblés sur la semaine 29, (du 19 au 25 juillet 2021).
Elle était retrouvée dans 80,5% des prélèvements positifs criblés en semaine 28, 63% en semaine 27, 43% en semaine 26.
Enfin, on peut citer les enquêtes dites « Flash » menées encore une fois par Santé publique France dans le cadre de la stratégie nationale de surveillance génomique menée avec l’ANRS|Maladies Infectieuses Emergentes (consortium EMER-GEN).
La dernière en date, l’enquête Flash #15 du 13 juillet, indique que le variant Delta représentait alors 82,8% des séquences interprétables (contre 80% dans l’enquête Flash #14, 55% dans l’enquête Flash #13 et 35% pour l’enquête Flash #12).
*Attention : seule la moitié des tests environ (51%) est aujourd’hui criblée, c’est à dire analysée pour identifier une mutation.
Par ailleurs, rappelons que depuis le 31 mai, dans les tests de criblage, Santé publique France ne cherche pas précisément le type de variant (Alpha, Beta, Gamma, Delta, etc.), mais trois types de mutations : la mutation E484K portée notamment par les variants Beta et Gamma, la mutation E484Q très marginale et la mutation L452R portée notamment par le variant Delta.
L’agence estime qu’une grande majorité des tests faisant apparaitre la mutation L452R (au moins les 2 tiers) correspondent bien au variant Delta.
Le variant Alpha (britannique), lui, n’est plus systématiquement cherché dans les tests criblés depuis début juin.
Il était en effet devenu très largement majoritaire (90%) au printemps mais la proportion de cas positifs a considérablement chuté depuis. Seules les enquêtes Flash permettent encore de le traquer.
Carte du variant Delta en France
Géodes a publié pour la première fois le 1er juillet une carte présentant le criblage de la mutation L452R, caractéristique du variant Delta en France.
Elle est depuis mise à jour au quotidien avec les dernières données disponibles.
Santé publique France indique que le variant Delta est réparti avec « une grande hétérogénéité » sur le territoire, avec une forte poussée en Ile-de-France, en Nouvelle-Aquitaine et en Auvergne-Rhône-Alpes.
Qu’est-ce que le variant Delta ?
Le variant Delta, responsable d’une vague meurtrière en début d’année 2021 en Inde et donc baptisé « variant indien » à l’origine, est considéré comme un « mutant multiple ».
Il résulte en fait d’une rencontre entre la souche dite californienne, L452R, et de la mutation sud-africaine, E484K. Mais ce virus indien comporte également d’autres mutations.
E484Q et L452R permettent au coronavirus de mieux s’accrocher aux cellules pour se répandre plus facilement.
Selon une récente étude menée par le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies et publiée en preprint sur le site MedRxiv, le variant Delta serait bel et bien plus contagieux que la souche originelle du virus, avec une charge virale qui serait 1 260 fois supérieure à celle du virus apparu en Chine fin 2019. Pire : les personnes seraient contagieuses deux jours plus tôt par rapport à cette souche originelle.
Le Figaro s’est intéressé à cette question ce 27 juillet. Selon Jérémie Guedj, chercheur à l’Inserm et spécialiste de la modélisation des dynamiques virales, « le chiffre de 1260 a été obtenu en comparant les quantités de virus chez ces patients et celles relevées en 2020 chez d’autres patients infectés lors de la première vague.
C’est une limitation de l’étude, se référer à des données historiques apporte une imprécision.
Mais il aurait été difficile de faire autrement. Un facteur mille n’est pas impossible mais pour le variant anglais, sur lequel on a beaucoup plus de recul, on n’est toujours pas parvenu à calculer cette valeur. ».
Un variant Delta et un variant Delta Plus
Le ministère indien de la Santé a annoncé, mercredi 23 juin, avoir repéré une nouvelle mutation du Covid-19, nommée Delta Plus, et qualifiée de « préoccupante ». Trois États du pays ont été placés sous surveillance.
Ce variant serait encore plus transmissible que le variant Delta. D’après une étude du Public Health England, le variant indien pourrait entraîner la multiplication des hospitalisations.
Après l’analyse de près de 38 000 séquences du virus, les chercheurs estiment désormais que le variant « Delta » aurait un risque d’hospitalisation 2,61 plus élevé, par rapport au variant britannique.
À cause de cette nouvelle forme, les commerces « non essentiels » sont de nouveau tenus de garder porte close le week-end, dès lors que, localement, le taux de positivité des tests de dépistage, en moyenne sur sept jours, dépasse 5 %, ou que le taux d’occupation des lits d’hôpitaux équipés en oxygène dépasse 40 %.
Le variant Delta Plus aurait été identifié à ce stade chez cinquante-cinq patients.
D’après le ministère indien de la santé, ce nouveau variant est caractérisé par « une contagiosité accrue, une capacité plus forte à se lier aux récepteurs des cellules pulmonaires et un effet potentiellement réducteur de la réponse des anticorps monoclonaux » à sa présence dans le corps.
Mais pour l’épidémiologiste Chandrakant Lahariya, « le Delta Plus n’est pas très différent du Delta et il n’a pas suffisamment muté pour pouvoir déclencher aussi rapidement une troisième vague en Inde, où la population a sans doute déjà été contaminée à 60 % ou 70 % par le coronavirus sous ses formes précédentes ».
Quels sont les symptômes du variant Delta ?
Les symptômes sont ceux du coronavirus. Anurag Agarwal, directeur de l’Institut de génomique et de biologie intégrative de Delhi, a expliqué auprès du Figaro il y a quelques semaines que les malades souffraient par ailleurs « de maux de tête, de congestion nasale, de maux de gorge, de douleurs musculaire ».
« On en voit atteints de diarrhée, comme ce fut le cas à New York l’an dernier. » Et d’ajouter : « Et le climat étant chaud et sec cette saison, certains saignent du nez ou de la gorge parce qu’ils toussent ou éternuent davantage ».
Selon Tim Spector, professeur d’épidémiologie génétique au King’s College à Londres, le variant Delta « ressemble plus à un mauvais rhume chez les populations plus jeunes et les gens ne le réalisent pas.
Cela signifie que les gens pensent avoir un rhume saisonnier, donc ils continuent à sortir faire la fête, et donc inconsciemment peuvent transmettre le virus autour. »
La vaccination est-elle efficace contre le variant Delta ?
Plusieurs études empiriques ont démontré jusqu’ici que la vaccination permet de considérablement limiter la circulation du variant et en particulier les formes graves.
Selon une note de la Direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques (Dress), datée du 30 juillet 2021 indique qu’entre le 31 mai et le 11 juillet 2021, les non-vaccinés représentaient près de 85% des entrées hospitalières, « que ce soit en hospitalisation conventionnelle ou en soins critiques ».
Les patients complètement vaccinés comptaient en revanche pour environ 7 % des admissions, « une proportion cinq fois plus faible que celle observée en population générale (35 % en moyenne durant la période d’étude) », indique la Dress.
D’autres études ont d’ores et déjà été menées à l’étranger pour tenter de mesurer l’efficacité des vaccins contre le variant Delta.
Le 21 juillet le New England Journal of Medecine concluait que les deux doses du vaccin Pfizer protégeaient à 88% contre les effets néfastes du variant.
Un rapport technique du Public Health England, daté de la mi-juin, donnait également des statistiques encourageantes, comme une autre analyse « en conditions réelles » de 14 019 cas du variant Delta au Royaume-Uni, publiée encore une fois par le Public Health England en juin 2021.
Elle indiquait que les vaccins Pfizer et AstraZeneca étaient respectivement efficaces à 96 % et 92 %, mais contre l’hospitalisation cette fois.
Mi-mai, une étude du même centre expliquait toutefois une efficacité affaiblie contre les formes symptomatiques de la maladie : 60% contre le variant Delta, contre 66% pour le Alpha.
Encore une part d’incertitude
Car d’autres études sont plus mitigées au sujet de l’efficacité du vaccin contre le variant Delta.
Un travail, réalisée par les autorités britanniques et publiée début juin dans la revue médicale The Lancet indiquait que le niveau d’anticorps neutralisants était près de six fois moins élevé en présence du variant Delta qu’en présence de la souche historique du virus.
Des conclusions proches de celles de l’Institut Pasteur, qui expliquait fin mai que les anticorps neutralisants produits par la vaccination avec Pfizer/BioNTech étaient trois à six fois moins efficaces contre le variant Delta que contre le variant Alpha.
Le 8 juillet, Pfizer a réaffirmé dans un communiqué que son vaccin serait en définitive efficace contre le variant Delta, en particulier après une éventuelle troisième dose de rappel.
Les données d’efficacité du vaccin Moderna et du vaccin Janssen contre le variant Delta sont pour l’instant incomplètes, mais l’efficacité de ces deux vaccins a également été défendue par les laboratoires qui les produisent.
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